Endoskopi er en undersøkelse med et endoskop, et tynt rør eller slange med kamera og lyskilde i den ene enden som gjør at legen kan se innsiden av organet som undersøkes.
Et endoskop kan være bøyelig, også kalt for et fiberoptisk endoskop. Fiberoptiske endoskop vil naturlig nok lettere passere gjennom svinger og kroker i kroppen og benyttes blant annet ved undersøkelse av spiserøret og magesekken (gastroskopi) og ved undersøkelse av tykktarmen (koloskopi). Andre endoskop er stive, dette gjør de noe mindre fleksible med tanke på hvilke deler av kroppen som kan undersøkes, men gir samtidig muligheten for å utføre behandlinger og operasjoner endoskopisk, slik som ved kikkhullsoperasjon av kne og skulder og ved fjerning av galleblæren.
Undersøkelse med et endoskop gjøres gjerne gjennom naturlige kroppsåpninger slik som gjennom munnen eller endetarmen, eller gjennom små snitt i huden (kikkhullsoperasjon).
Endoskopi i denne sammehengen omtaler endoskopiske undersøkelser av fordøyelsessystemet, først og fremst: