Operasjon av Bakers cyste er oftest ikke nødvendig, men dersom selve cysten gir betydelige plager og ikke kan tappes med sprøyte og tynn nål kan det være nødvendig å operere den bort.
Spesielt cyster som har utviklet seg over lang tid kan i enkelte tilfeller inneholde geleaktig væske som ikke lar seg tappe ut med sprøyte.
Kirurgen (ortopeden) kan da fjerne hele cysten kirurgisk.